Boka Kotorska je veoma rano došla u dodir s kršćanstvom, tome su pogodovali dobri rimski kopneni i morski putevi. Sveti Pavao u poslanici Rimljanima (Rim 15,19), ove prostore spominje kao Ilirik a u Drugoj poslanici Timoteju (2 Tim 4,10), kao Dalmaciju. Povezanost Ilirika s Rimskom crkvom išla je preko Soluna, gdje je već u prvim stoljećima kršćanstva stolovao papinski vikar koji se još na VI Ekumenskom saboru 681. godine potpisuje kao vikar rimskoga pape (Vicarius Romani Pontificis).

Prvi poznati Kotorski biskup bio je Paulus koji je bio učesnik Kalcedonskog koncila 451. godine. Kasnoantičko, odnosno ranokršćansko porijeklo Kotorske biskupije svjedoči i ranokršćanska krstionica s kraja V. ili prve polovine VI. stoljeća, otkrivena u arheološkim istraživanjima poslije potresa 1979. u crkvi Svete Marije od Rijeke gdje su pronađeni i temelji vjerojatno prve kotorske katedrale sa ostacima (sintronosa) tj. biskupskog trona i oltarskog ciborija iz VI. stoljeća.

Sve je to nađeno u prezbiteriju današnje konkatedralne crkve Svete Marije od Rijeke (XII.–XIII. st.) Siguran spomen kotorskog biskupa Ivana nalazimo u aktima II Nicejskog koncila 787. godine. U kotorskim epigrafskim spomenicima godine 809. spominje se ime biskupa Ivana. Zatim se kotorski biskup spominje i na Splitskim saborima za vrijeme hrvatskog kralja Tomislava godine 925. i godine 928. Do druge polovine XI. st. sačuvan je fragmentarni popis kotorskih biskupa, a od godine 1090. do danas taj popis je gotovo u potpunosti sačuvan a započinje imenom biskupa Grimoalda koji je bio Langobardskog porijekla. U Sankt Petersburgu danas se čuva Pontifikal i Lekcionar kotorske biskupije koji su pripadali ovom biskupu. To nam svjedoči da je Kotor i nakon velikog raskola 1054. godine ostao pod jurisdikcijom zapadnog patrijarhata.

Godine 1025. u Buli pape Ivana XIX. Kotor se navodi kao sufraganska biskupija Canose u Pulji. I godine 1063. u Buli pape Aleksandra II. Kotor je sufragan iste nadbiskupije Canosa – Bari. Godine 1067. podvrgnut je metropoliti dukljansko–barskom, a 1078. dubrovačkom, te godine 1089. ponovo priznaje za metropolitu nadbiskupa barskog. Godine 1120. ponovo je u sastavu dubrovačke metropolije. Od godine 1172.–1828. (a ponekad uz kraće prekide i ranije), Kotor je u sastavu metropolije Canosa – Bari u Pulji. Od godine 1828. do 1932. Kotor je sufragan zadarskog nadbiskupa. A od 1932. pa do 1969. podvrgnut je direktno Svetoj stolici. Od 1969. pa do danas u sastavu je Splitske crkvene pokrajine.

Teritorij biskupije u prošlosti se vrlo mijenjao. U XIII. i XIV. st. granice Kotorske biskupije su dopirale do Dunava. Pod jurisdikcijom kotorskog biskupa bili su tada: Prizren, Janjevo, Novo Brdo, Novi Pazar, Brskovo, Golubac, Brvenik, Plana, Mačva, Trepča, Trgovište i Beograd. Još se u XVI. st. kotorski biskup Tripo Bisanti 1513-1540. potpisivao kao biskup cijele Srbije: «Totius Serbiae».
Od godine 1090. pa do danas sačuvan je gotovo neprekinuti popis – kronotaksa biskupa Kotora.

U granicama kotorske biskupije danas se nalaze i starokršćanska biskupska sjedišta Risan i Budva. Prvi poznati risanski biskup Sebastian spominje se u pismima pape Grgura Velikog 591. i 595. godine. Zadnji risanski biskup bio je Kotoranin franjevac Antun Paskvali 1540. godine. Biskupija se ugasila dolaskom Turaka u Risan. Ovog je biskupa imenovao papa Siksto V. koji je bio franjevac a čiji su preci bili porijeklom iz Boke. Granice ove biskupije zauzimali su i dobar dio risanskog zaleđa.

Budvanski se biskup spominje u IX. st. kao sufragan dukljanske metropolije. Kronotaksa budvanskih biskupa započinje s imenom biskupa Silvestra 1143. godine. U arheološkim istraživanjima poslije potresa 1979. godine u neposrednoj blizini sadašnje župne a nekad katedralne crkve sv. Ivana iz XIII. st. otkriveni su temelji starokršćanske bazilike odnosno prve budvanske katedrale iz VI. st. Budvanska biskupija je ukinuta 1828. godine i pripojena Kotoru.

Herceg Novi i njegova bliža okolica pripadali su od osnutka grada 1382. godine pa do 1687. drevnoj trebinjskoj biskupiji. Godine 1695. mletačke vlasti daju Herceg Novi na upravu makarskom biskupu Nikoli Bjankoviću kao apostolskom administratoru sve do 1715.  godine.  Za vrijeme Morejskog rata (1684.–1699.) Bjanković je sudjelovao u borbi za oslobođenje Herceg Novog 1687. godine. Godine 1612. u aktima kotorskog biskupskog arhiva zabilježen je jedan spor oko jurisdikcije u Herceg Novom između mrkanskog biskupa i kotorskog generalnog vikara Bisantija. Biskup Marin Drago zbog slabe komunikacije postavio je u Herceg Novom: Dekana s širokim ovlaštenjima (Vicarius foraneum amplissima potestate). Godine 1880., župe Spič, Sušanj i Brca koje su pripadale barskoj nadbiskupiji odlukom Kongregacije za širenje vjere bile su pridružene kotorskoj biskupiji. Spič je tada imao oko 600, Sušanj 300, a Brca 200 katolika.

Prvi patron biskupije je bio sv. Juraj, ali ga je kasnije zamijenio sv. Tripun mučenik, čije su relikvije donesene u Kotor 13. siječnja 809. Tada je početkom IX. stoljeća sazidana i prva crkva u čast Sv. Tripuna koju je dao sagraditi kotorski građanin Andrea Saracenis. Ostatci te crkve pronađeni su u najnovijim arheološkim istraživanjima poslije potresa 1979. godine. Prvobitna crkva se nalazila neposredno uz sadašnju katedralu. Gradnja sadašnje katedrale započela je 1124. godine, te je završena 1166. godine, a posvećena  je 19. lipnja iste godine od strane kotorskog biskupa Malona.

Kotorska biskupija dala je Crkvi sv. Leopolda Bogdana Mandića (+1942) kapucina iz Herceg Novog, bl. Graciju (+1508) iz Mula, bl. Ozanu (+1565) rodom iz Crne Gore, te Božju službenicu Anu Mariju Marović (+1887) utemeljiteljicu Družbe zadovoljštine Srca Isusova i Srca Marijina u Veneciji. Stoga se s pravom Kotorska biskupija naziva biskupija Hrvatskih svetaca i oltar domovine, a Boko-kotorski zaljev Zaljevom svetaca.